İzmir 18. Ağır Ceza Mahkemesi’nde görülen duruşmaya Babatonguz, Ayvalık’tan SEGBİS aracılığıyla katıldı. Babatonguz, “O kafenin içinde onlarca kişi vardı yalnızca ben yargılanıyorum. Fırat’ı tanımıyorum, Nurullah’ı orada görüyordum. Ayvalık’ta yaşıyorum. İstesem Midilli adasına yarım saatte kaçarım lakin gitmiyorum” diyerek beraatini talep etti. Mahkeme Babatonguz’u, “Devletin birliğini ve ülke bütünlüğünü bozmak” kabahatinden ağırlaştırılmış müebbet, “Kasten öldürme” hatasından ağırlaştırılmış müebbet, “Silahlı terör örgütü faaliyeti çerçevesinde öldürmeye iştirak” cürmünden 15 yıl mahpus cezası vererek tutuklanmasına karar verdi. Babatonguz, kararın açıklanmasının akabinde Ayvalık Adliyesi’nden kaçmaya çalıştı. Fakat polis Babatonguz’u sokakta yakalayarak Ayvalık İlçe Emniyet Müdürlüğü’ne götürdü.
